Die sogenannte „Akademiesammlung“ oder auch Gründungssammlung des Deutschen Museums beinhaltet Instrumente des späten 16. Jahrhunderts bis zum Ausgang des 19. Jahrhunderts und umfasst neben den Schwerpunkten physikalischer und astronomischer Geräte auch eine Reihe von Exponaten aus den Fachgebieten Zeitmessung, mathematische Instrumente und Rechengeräte, frühe Telegraphie, Geodäsie, Musikinstrumente, frühe Fotografie und Metrologie. Insgesamt übereigneten der Bayerische Staat und die Bayerische Akademie der Wissenschaften dem Deutschen Museum 2.023 Objekte. Die Sammlung spiegelt in vielen Bereichen die Herausbildung und Entwicklung verschiedener wissenschaftlicher Disziplinen wider, und ist damit eine hervorragende Quelle für objektbezogene Forschungsansätze in Wissenschafts- und Technikgeschichte. Sie zeigt in Beispielen die enge Verbindung von Wissenschaft und praktischer Anwendung, die von der Bayerischen Akademie gefordert und gefördert wurde. Unter den Objekten befinden sich nicht nur die ersten Papierfotografien von Carl August Steinheil, sondern auch wichtige Originale der Optik und Feinmechanik von Georg Friedrich Brander, Georg von Reichenbach und Joseph Fraunhofer. Die Akademiesammlung umfasst jedoch auch Artefakte zweier wissenschaftlicher Großprojekte des 18. und 19. Jahrhunderts: dem ersten internationalen meteorologischem Beobachtungsnetzwerk (Societas Meteorologica Palatina) und der ersten systematischen bayerischen Landesvermessung.